近來國內外研究及病例皆陸續發現，無論輕重症，甚至無症狀的新冠肺炎患者，皆有可能留下長期後遺症，諸如乏力、呼吸困難、胸痛或胸悶、咳嗽、嗅覺或味覺障礙、記憶力減退等持續性症狀，這些後遺症常帶給患者生活及工作上的痛苦與不便，且痊癒時間仍未可知。
臺北市立聯合醫院林森中醫昆明院區中醫科主治醫師曾宣靜認為，中醫藥在預防及治療新冠肺炎方面，成果受到民眾肯定，於治療確診病患，除了改善臨床症狀，亦可防止病情轉成危急重症，而在處理新冠肺炎後遺症及恢復身體功能方面，中醫藥亦有很好的優勢。
曾宣靜表示，肺部主要的後遺症為肺纖維化，即肺部受到病毒侵擾，組織修復後出現較厚、較硬的疤痕，中醫以潤肺化瘀為治療原則，若為血虛兼陽虛者，可使用養血滋潤，酌加補陽之藥物，如：何首烏、當歸、菟絲子等；若為氣虛下陷兼陽虛者，可使用益氣升提，酌加補陽之藥物，如：黃耆、人參、柴胡等，需要時可再加麻黃、杏仁等，如此可逐漸改善乾咳、呼吸淺快、血氧飽和度不穩定、倦怠等現象。
嗅覺或味覺障礙方面，目前研究可能是因嗅覺或味覺相關細胞受到感染導致發炎和損傷所產生的，可在中醫四診辨證後，透過辛涼、辛溫、益氣、滋陰或補陽的中藥，協助逐漸恢復原有的嗅覺或味覺功能。
此外，注意力和記憶力減退問題（非專業術語也稱為「腦霧」），目前研究認為可能與病毒直接或間接造成腦神經、腦微血管損傷有關，可運用如活血化瘀、補氣、補血或補陽藥物，幫助腦神經、腦微血管修復，或用化痰飲藥物幫助代謝廢物排出，亦可酌加麻黃、細辛、辛夷等醒腦藥物，依病人病狀選擇上述適合藥物，協助恢復原有認知功能。
曾宣靜指出，中醫藥除了於預防及治療新冠肺炎上可盡份心力外，對於存留長期後遺症的患者，亦可透過辨證論治，施以合適的中藥處方與針灸治療，協助患者逐漸脫離後遺的不適，恢復身體正常功能。